1999 年，为了使人进化为“完美的个体”，由NEO（Next Environment Organization）领导并开始实行BESTMAN计划，但是结果是失败了。试验将尊者ヤクスギ进化成了拥有无限再生能力的カンケル（Cancer）。不仅如此，作为整个人类社会的敌人，カンケル的目的就是消灭整个人类，但是首先他就必须要消灭一直保护着人类的共生免疫体——ベターマン（Betterman）。而当时在场的其他几位幸存着则把カンケル存在的消息以一种蛋白质的形式传播出去，并引起人类自毁灭的DNA程式，它所造成的离奇疾病就是アルジャーノン，而这种疾病的目的就是召唤出人类的免役体ベターマン。
时间前进到2006年，在这期间，NEO直属机构モーディワープ（Mode Warp）一直致力于アルジャーノン病的研究，在一次游乐园的大规模杀人事件调查中，原ヘッドダイバー（Head Diver）カクタス因アルジャーノン突然发作而被失控的游乐园机器人杀死。关键时刻，17岁的高中生蒼斧蛍汰在一次不是意外的意外中坐上了覚醒人1号，并打败了由一团电线构成的机器人豆の木ドラゴン，但是在巨型チカちゃん出现后，覚醒人却因为リンカージェル（Linker Gel）的使用到达限界而停止了活动。就在蛍汰和火乃紀的生命处于最危急的时刻，ベターマン出现打倒了敌人……
事件后蛍汰加入了モーディワープ，驾驶覚醒人调查各种奇怪事件，不时的遭遇了各种奇怪的不明生物（UMA），机器人和一些超能力者。在逐步的调查中，渐渐的发现NEO直属的BPL（Biotechnology Provisions Laboratory），(株)超人同盟甚至モーディワープ本身都是“元凶之力”的一部分，事情的真相也逐渐被揭示了出来。
最后，一场决定所有生命命运的决战在水与火的原始生命诞生场地展开了……
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