不愿面对父亲离世的林清羽，独自一人出走丽江，不料丢失钱包却机缘巧合的结识纳西族的阿仁，成为了当地的支教老师，还与阿仁产生了一段超脱于性别的感情。当二人敞开心扉、互换信物时，却被纳西族的族民发现，当不被接受的感情发生在偏远山间里的少数民族时，阿仁在感情和传统间会做出怎样的选择?电影除了描述了一段少年爱恋，还展现了玉龙雪山和纳西村落的美丽与古朴。
在纳西族有个古老的传说，那里的玉龙第三国是爱情守护神。相传当人们的感情和传统社会道德相冲突时，无法面对现实的人们，可以用自己的生命所换取的一个生存空间，一个理想的国度。而《第三国度》的故事就是发生在那个古朴的村落里